現状ゲーム内で操作に使うデバイスはこの３つになると思います。

　・ゲームパッドを主に使う
　・キーボードを主に使う
　・マウスを主に使う

これらの操作ではそれぞれ全く異なる道具が使われるので、
操作しているプレイヤーの指と手の動きもそれぞれに合わせて
全く違ったものになってくるのが当然です。

マウス向けにデザインされた操作性がゲームパッドをメインに
使っているユーザーに最適かと言ったら現実にはそれは非常に
無理があると思われますので、現状１種類しかない操作を

　・ゲームパッド向け
　・キーボード向け
　・マウス主体向け

に完全にモード分けしてユーザーが選べるようにして下さい。

モードを分離することで　■■■向け　を配慮して導入した操作が
●●●を使う主義　の人達の操作の妨げになるようなケースが
大幅に低減すると思います。