私も一度だけ同じ状況になりました。

私の場合は黒衣森南部森林でチョコボと一緒にクエストを行っている時に、モルボルに絡まれて息攻撃で私だけが死んだ状況です。
ホームポイントはグリダニアでしたのでそこまで戻りましたが、その際チョコボとのパーティは継続されたままでHPなどが確か０表示だったかと思います。
とりあえずクエストも終わっていないしと思って南部森林まで歩いて戻ったら、チョコボが律儀に森の入り口で待っていてくれました。

そのことからチョコボは別れてしまったエリアで待っているという仕様なのだと思っていました。
もしかしたら私の状況だけ別なのかもしれませんが、こういうことでチョコボと再会出来たという例として書き込んでみました。