引き続きお答えいたします。

旧CE版を購入した人が、新生CE版をゲーム外特典と予約特典のために購入した場合、ディスクとレジストレーションコードが余る事になると思うのですが、そのコードを第三者に譲渡したりするのは大丈夫ですか？
新生FFXIVを友達にプレゼントするということですよね？はい、特に問題ありません。
（もちろんスクウェア・エニックス アカウントの譲渡はダメですよ！）

現在、†バージョンCE版と通常版の二つのサービスアカウントを使っていて、どちらもレガシー権を持っています。
このたび、新生通常版とCE版を１本づつ予約させていただきました。
２つのサービスアカウント両方に全ての特典を付与したく思ったからです。つまり、†バージョンCE版アカウントのほうは予約特典のみ、†バージョン通常版アカウントのほうには新生予約特典と新生CE版特典を付与したいということです。
新生CE版がWindows版だった場合でお話します。
予約特典は既存のサービスアカウントに紐付けることはできますが、
コレクターズエディション特典を既存サービスアカウントに付けることはできません。

「スクエニアカウント」　「サービスアカウント」
と表記にブレがありますが、これらは同一の意味で使用しているという認識でよろしいでしょうか？
同一なのか別物なのかで意味が全く異なってくるので、御回答を頂けると助かります。
すでにフォローしてくれている方もいらっしゃいますが、
スクウェア・エニックス アカウントとサービスアカウントは別物です。
サービスアカウントは契約されているサービスの種類です。
スクウェア・エニックス アカウントにファイナルファンタジーXIVのレジストレーションコードを登録すると、
ファイナルファンタジーXIVのサービスアカウントが、スクウェア・エニックス アカウントに紐付くようになります。

スクウェアエニックスアカウント1つにソニーエンターテインメントアカウントは1つ。
スクウェアエニックスアカウント1つにPS3版プロダクトコードは1つ。

という条件だと解釈していますが、次の場合どうなるのでしょうか。

スクウェアエニックスアカウント1つにサービスアカウントA・サービスアカウントBの2つを登録してある。また、
サービスアカウントA・・・PC1、PC2
サービスアカウントB・・・PC3
と登録してある。

このとき、1つのソニーエンターテインメントアカウントでPC1・2・3全てのキャラを遊べるのでしょうか？
それとも、サービスアカウントA・Bどちらかのキャラでしか遊べないのでしょうか？
はたまた、どれか1キャラしか遊べないのでしょうか？
サービスアカウントAにPS3版プロダクトコードを紐付けた場合は、
サービスアカウントA配下にいるキャラクターでのみ遊ぶことができます。

PS3を持っていない旧通常版のプレイヤーが新CEのインゲームアイテムとリアルアイテム両方を手に入れたい場合は、Win版新CEパッケージとデジタルアップグレードの両方が必要という認識であっていますでしょうか？
旧FFXIVでプレイしていたキャラクターで特典アイテムを受け取りたい場合、
その認識であっています。

†バージョンレガシー通常版アカウントには、新生版パッケージを購入したところで、その特典を流用するのは不可能である。
はい、あっています。

  • †バージョンレガシー通常版アカウントで全ての特典を受けるには、
    1. 新生Windows CEまたは通常版を購入し、予約特典コードを付与する。
    2. さらにCEデジタルアップグレードも購入し、CE版ゲーム内アイテムを受け取る。
ということでしょうか？
はい、あっています。

新生予約特典ゲーム内アイテムのケットシーとモグモグキャップについては、アカウントのレジストレーションコードとは完全に独立して、新生パッケージを予約購入しさえすれば、どのレガシーアカウントにも自由に付与できると考えてかまいませんか？
Windows版の予約特典コードであれば、大丈夫です。

PS3版の予約特典コードやプロダクトコードのPS Storeでの登録というのは
PS3からのみ登録可能なものなのでしょうか。
はい、PS3からのみ登録可能です。

自分は旧FF14通常パッケージを持っているレガシーですが

CE版の特典とインゲームアイテム6種類欲しいので現状ですとPC版を買うとインゲームアイテムがレガシーアカウントに渡せないので
PS3版CEを購入する。　PS3ではプレイしませんので　余ったPS3版を友人にプレゼントした場合　友達はパッケージ買わなくても

プレイするだけなら可能でしょうか？
CE版の特典を入手するためには、プロダクトコードを入力し、
スクエニアカウントにサービスアカウントを紐付ける必要があります。
そのためPS3版ソフトウェアを友人にプレゼントしてもプレイすることはできません。