メインシナリオの相棒のRが異様に低く設定されている

[Sanjuroh]

テストしてないんですね。
テストをした際に見逃しがあったというのは開発も人間ですから分かりますが、
今回のような場合テストそのものを行っていなかったということに。


戦闘周りをいじった際に変更後の状態でメインクエスト（の戦闘部分）をクリアできるかどうかを
テスト項目に追加するべきかと。

1.19a以降にメインクエストをやりましたが、相棒任せで普通にクリアできました。
フィジカルレベルは削除される前に50になっていましたので、削除前の段階でフィジカルレベルが低かった人に限り、その数値で相棒の能力が決定されていたということではないでしょうか。