人気アイテム(それと、そういったアイテムが手に入るコンテンツも含めて)の種類がまだまだ少ないせいで
一部に集中してしまっているだけだと思います。

まず、種類が増えてくればある程度分散するでしょう。
その上で、それでも人が集まってしまう人気アイテムは出てくると思いますが、その時に必要な対策は
EXアイテム化や取りやすくする修正ではなく、似た性能の新アイテムを追加することだと思ってます。

今から、レアアイテム(Rare属性付きのことでは無いです。念のため)に対して、その都度そういった考慮を
する習慣をつけてしまうと、アイテムの種類が豊富になった時の自由度に悪影響が出そうです。