UIセクション担当の皆川です。
開発側でこの不具合の原因が判明しましたので補足説明させていただきます。

この不具合は、
パッチ2.5時に作られたセーブファイルを引き継いている方の環境で発生しています。

例えば、今回新たにXIVを始められている方や、拡張パッケージ3.0以降のプレイヤーの方の環境では発生しません。
また、パッチ2.5以降にクライアントを変更したり再インストールした場合も問題は発生しません。

現時点での対応方法は、先のMelchlyのポストにありますように、
キーバインド変更 → 「移動操作」タブ → 「飛行／潜水操作:下降」を確認していただき、空欄であれば [Ctrl+Space] を設定していただくか、キーバインドウィンドウの左下の（初期化）ボタンを押していただければ、正常な状態に戻すことができますのでお試しください。

現在開発では、この不具合の改修を進めていますが、既に再設定していただいた方や、他のキーアサインを設定している方には影響せず、問題に該当する方のキーバインドのみ正しいキーバインドに修正できる方法での準備を進めています。

設定ファイルを書き換える機能は検証に時間が必要となるため、リリース時期は運営から改めて告知させていただきます。それまでの間はお手数ですが上記の方法で対応をお願い致します。