パッチ4.0より同一効果の強化アクションは、
自動で上位アクションに置き換わる特性が実装されています。

　（例）
　サンダー → サンダガ
　サンダラ → サンダジャ
　ストーン → ストンラ → ストンガ → ストンジャ

例えば、
　レベル45で習得する「サンダーマスタリー」は「サンダーがサンダガに変化する。」
　レベル64で習得する「サンダーマスタリーII」は「サンダラがサンダジャに変化する。」
という効果です。

そのため同一効果のアクションは、どれか1つをホットバーに設定すれば大丈夫です。

　
パッチ4.0では他にも多くの変更点がありますので、
「4.0パッチノート」、および「ジョブガイド」をぜひご覧ください。