「三国とも同じ」では選択する意味が無いようなものですし、
「それぞれのシナリオを楽しみたい！」なら
「今はムリだとしても将来的には移籍可能にして欲しい！」ってところでしょうか。

私個人としては、三国共通部分のシナリオがおかしなことになっても特に気にしません。

ＦＦ１１の話ですが、闇王（ラスボス的存在）を３回討伐しましたので、
帝国の親玉を３回ぶちのめすくらいなら気にしません。むしろ大歓迎。

というわけで
「本所属後でも移籍可能になって欲しいな！」