詳細な仕様は開発側しかわからないので憶測も含みますが、
チャットログのバッファーは有限かつ一元管理されており、またフィルターされているログも出力されているため、
そのバッファーが溢れ次第常時古いログから削除していると思います。
フィルター設定されているログが多いほど、元々表示されているログは少なく古いものが残り続けているので、
バッファー更新時に、いきなりゴソッと消えてしまうのではないでしょうか?
特に24人レイドだと、出力されるログ(非表示分も含みます)も24人分なので、その頻度が高まるのだと思います。
