I was just looking through the JP thread on this topic in Google Translate and came across this post from Foxclon:

Original text:
早速のフィードバックありがとうございます。

今回の配置変更が行われるエリアでは、ノートリアスモンスターを除き、再出現時間が一律5分となる予定です。そのため、抽選タイプのNMに限り、相対的に出現チャンスも増えることになります。

ただし、NMごとに設定されている再抽選が開始されるまでの時間は従来通りの設定になっています。

Here is the relevant part read through the translate:

The deployment change is made in this area, except for Notorious, the flat rate of 5 min by time will re-emerge. Therefore, the only type of lottery NM, will also increase relative appearance opportunities.

Seems like mobs in the affected areas will be put on a 5 min repop timer after the update.