統合する際に新しいサーバーを作ってしまってそこに一斉移動というのはどうでしょうか。
ＡサーバーとＢサーバーを統合しますので、現在課金中のキャラは新規のＣサーバーに移動になります、という感じで。
残った旧サーバーのデータは旧サーバーすべてを統合して保持する等の処置で。
よくある系の名前の人は早くインした者勝ちになってしまいますが、ちょっと微妙？って人が被る確率はかなり減るかと。
どうしても改名が嫌って人は移転という最終手段も…。予算的には難しいでしょうかねえ。