「一部のエリアでフェイスが地形にハマる」という件ですが、

呼び出しているフェイス：1.ナナー・ミーゴ、2.シャントット、3.アジドマルジド
という状態で、
ル・オンの庭(G-5)で階段を上る時に、下から３段目あたりでわりとよくフェイスのスタックを確認しています。
この場合、戦闘を開始すると移動を開始してくれます。

また、ル・オンの庭のワープ装置でジャンプした直後、その付近で戦闘を開始すると「フェイスが全員所在不明になる／３人目のフェイスが所在不明になる」というような状態を確認しています。この時、マップを確認しても所在不明になったフェイスの現在位置は表示されません。
この場合、戦闘を解除・終了して移動していると所在不明になっていたフェイスが現れてくれます。