検証ソースがないか調べてみましたが気になる文章は見つけました。
FF11用語辞典-攻防比の部分に記述してある

ちなみに、モンスターからみた場合攻防関数の上限はもっと高く4.0になる。これはクリティカルしても4.0までのため、格上の敵の場合には通常攻撃とクリティカルが同じダメージになることもある。
この差が格上のモンスターから受ける反則級のダメージの正体であり、ペットとしたモンスターが格下の敵に無類の強さを発揮する理由でもある。
という文言。これは2007年以前の話です。検証してません。（が、Kamauさんのお話を見る限りそれが検証結果か。）

私の知る限りペット周りのダメージ上限が変更されたという話は見ていません。つまりオートマトンもモンスター同様であるならば攻防比がキャップすると通常ダメージとクリティカルが同じダメージになるのは仕様かもしれません。