厳密にFFXIクライアント以外のソフト（俗に言うツール類）を同時起動していたらアウトと言い切ってしまうならば、ブログにアップするための画像撮影ソフトもダメですし、Youtubeやニコニコにアップするための動画記録ソフトもダメ、Repなどでログを記録抽出することもダメってなりますね。
そうなるとパソコンを使ってFFXIをしている人のほとんどがBANされてしまうことになりますね:P

そもそも他人やサーバーに影響を及ぼさず、使用者の個人的環境の上だけで動作しているソフトを運営側から感知することは難しいんじゃないでしょうか？
それを使っていることを証明するにはユーザーのパソコンに一種のウイルスソフトを仕込まないと無理でしょうね。