第1層をクリアすると、第1層クリアという状態がセーブされて、月曜日の24時にセーブがリセットされるまで
第1層には入れないと言うのが現状の仕様ですが
この仕様だとヘルプに行けないために、FC・LSに9人以上在籍していた場合に誰かがバハムートへ行けない状態となっています

PTリーダーに階層のクリアフラグが付いているので、その人を2層に連れていけばいいじゃないか、とおっしゃられるかもしれませんが
プロデューサーが「第2層に第1層をクリアしていない人を連れていけたりしますけど、たぶん無理でしょうね（苦笑）。」とインタビューで答えています

コンテンツの延命のために、周回をできないこの様な仕様にしたのかは私には分かりませんが、それなら報酬の宝箱を減らしたりすれば目的は達成できます
わざわざPCのコミュニティーを破壊する方向で延命を図ろうとするのは理解できません
即刻改善を求めます