以下PC版での場合です。
キーバインドのゲームパッドは、ゲームパッドの機能をキーボードでエミュレートできるように
していると思うのですが、実際にキーボードに割り当てた場合、ゲームパッドの挙動と異なる場合があります。
わかりやすいのが、決定ボタンです。
ゲームパッドでは、メインコマンドからキャラクターの装備を変えるときなど、決定ボタン
のみの動作をしますが、キーボードに割り当てたものを使用すると画面の裏で
ターゲット機能も一緒に働いて、意図しないものをターゲットしてしまいます。

ゲームパッドでは、決定とターゲットの機能をうまく選択して動いているのに、
キーボードに割り当てたものでは、同時に動作しているように感じます。

同じことはクロスホットバーの切り替えボタンも同じで、
ゲームパッドではタブの切り替えとクロスホットバーの切り替えの機能を
選択して動いていますが、
キーボードに割り当てたものは、キャラクターコンフィグ等でタブの切り替えをすると
裏でクロスホットバーも勝手に切り替わり、やはり意図しない動作をします。

できれば修正をお願いします。

上記とはちょっと別ですが、ゲームパッド関連でもう一つあったので書いておきます。

ゲームパッドのボタンに機能を割り振らずに使用すると、
（キャリブレーションでスティックのみ設定し、ボタンはすべてスキップ）
ゲームを再起動したときに決定ボタンに勝手にスクリーンショットの機能が
割当たっている場合があります。
再度ゲームパッドのキャリブレーションをすると直りました。