ゲームシステムのスレッドにも出ていますが、以下の手順を踏むと見た目の不一致が発生してコンテンツ内で表示されるポートレートが初期状態になります。

①ガイア・コスチュームセットを含む内容のミラージュプレート（が設定されたギアセット、以下同じ）をポートレートに関連付ける
②手・脚・足装備のいづれかを、上記①の関連付けを行った時とは別の見た目に変更する
③当該ポートレートの設定で見た目の不一致で反映されないという注意マークが表示され、再登録しようにも保存ボタンが非アクティブのため更新できない
（ポートレートの表示上の設定内容を微調整して無理やり保存しても装備内容の部分は更新されないのか不一致状態は解消されません）


前提として、ガイア・コスチュームセットを設定したミラージュプレートには手・脚・足の装備を登録できません。
そのため、ポートレート登録時はその時の手・脚・足の見た目の状況が登録されるし、当該ミラージュプレート適用時は手・脚・足の見た目を変更できません。

3ジョブ以上で装備を使いまわしながらミラージュプレートはそれぞれ別々のものを使っている場合、それぞれのジョブをA・B・G（Gはガイア・コスチュームセットを含むもの、A・Bは含まずに手・脚・足の登録内容が一致していない）とすると、AからGにジョブチェンジした場合とBからGにジョブチェンジした場合で手・脚・足の見た目が異なるので、登録時の状況と違うルートでジョブチェンジした場合で不一致が発生します。また、A・Bのミラージュプレートの手・脚・足の登録内容を後から変更した場合も同様です。

一応、装備を１部位外してからポートレートにミラージュプレートを再登録し、再び装備しなおしてから再々登録することでリセットできますが、さすがに手間です。
上記フォーラムでは仕様と判断されておられますが、見た目に関係しない部位を指しながら「見た目が一致しないため」反映されないというのは不具合だと思いますので報告させていただきます。

見た目に反映されなくてもいいのでミラージュプレートにおいて複合装備の重複部分にも装備を登録できるようにするか、そもそも見た目に関連しない重複部分をポートレートでの不一致の判定対象から除外すれば済むと思いますので、ご対応のほどよろしくお願いいたします。