基本的には根性版の負の遺産だとは思っていますが、
リリース当初ってクラスだとアディショナルスキルのとれる幅がジョブより多かったので、ジョブの単純な下位互換ではなかったのもあるんじゃないかなと。
（もちろんジョブにした方が強いのは事実ですが、応用力が若干ありました。）
ロールスキルに変わった時点でジョブの完全下位互換になったので制約をかけるならそのタイミングだったのでしょうが、
・そんな迷惑行為を行う人間が稀
・PT募集で示し合わせてのクラス縛り等の遊びを制限したくない
といった理由で意図的に残した、というより手を入れなかっただけなんじゃないかなあと思います。
この辺りの運営の思惑はどちらの立場でも創造でしかないのでただの水かけ論にはなっちゃいますけどね。

なので今のルールはどうあれ、今後ルール化すべきではないかというお話ですね。