説明をよく読んでみると、「近東原産のまん丸い根菜」とありますね。
原産と。

つまり、当地でとれる原産ものは、チョコボのレベルを上げる効果は無くて、どこかで改良されるなり、変異するなりしたってことかもしれないですね。