電源ユニット側が供給できる電力を越えようとすると給電が追いつかずに断続的に止まってコントローラーが動かなくなる場合があります。
コントローラー以外でのUSBの大量接続などで電源ユニットが追いつかないレベルの電力を使用している、もしくは電源ユニットが古くなって本来の性能が出せなくなっている可能性もあるので確認してみてはいかがでしょうか？