これ、私もフレンドもPCへのPS4コントローラー接続で全く同じことが起きてます。
加えて言えば私の場合無線接続のままプレイ中にUSB有線接続にすると以前はそのままプレイ可能でしたが、6.0以降は別設定のコントローラーが接続されたような状態になり、ボタンリキャリブレーションからやり直しになります。