戦闘に関してですが、

染色パターンが事前に確認出来ないこと、
内容に対してBGMや報酬に関連性が無いこと、

不満についてはこのくらいで、ストーリーやマップ等はとても良かったと思います。
ただ他の方も仰っているように、AF染色を絡めるならば、真も作っておいてトーテム1という救済があっても良かったのかもしれないですね。
極の難易度については普段の真と極のちょうど間くらいだと感じたので、高難度の入門的な存在として見るならば良く出来ていると思います。