報告者は、Lv80ジョブを9つ所有していますね。
ロドストを確認したのですが、ソウルクリスタルが装備されていないようです。

ジョブ冒険録を使った際の挙動は、yotuubeなどで何人か動画をあげている方がいるので確認したのですが、
１．モグレターより、「冒険録」「アラグ白金貨」「アクセサリーのセット」を受け取る。
２．受け取った「〇〇〇の冒険録：〇〇編」を使用する。この時のジョブは不問。（ナイトの冒険録を使うのに、竜騎士になっていても構わない）
３．使用した瞬間にHUDが非表示になり、
「〇〇〇の冒険録：〇〇編を使用しました！
キャラクターデータ書き換えのため、ログアウトします。」
のメッセージと共に画面が徐々に暗転していきタイトル画面に戻る。
４．ログインすると、イラストと共に案内のメッセージが表示されるイベントが発生。
５．イベントを終えると、初心者の館に挑戦するHUDが表示された状態で、前回のログアウト地点より再開される。
６．「武器」「ナイトなら盾」「左6ヵ所」「ソウルクリスタル」が自動的に装備された状態となっている。
　　アクセサリー5ヵ所は装備されていないため、イベント中の案内メッセージに従って自分で装備する。
７．ギアセットは登録されないので、自分で登録する。
　　（この時、新規ギアセットを作らずに更新を押すと、前回選択したギアセットを上書き更新してしまう。）

さてこの一連の流れであり得そうだなと思ったのが、
冒険録を使用したあと、ギアセットを登録か更新せずに別のジョブに着替えてしまい、
再度、竜騎士に着替えたところソウルクリスタルが未装備のギアセットだった… って可能性がありえそうだなと思います。