・レベルシンクやそれに準ずるシステムの仕組上、習得にフラグ（レベルやクエスト報酬）を伴うスキル効果は一旦リセットしないといけない
・レベルシンク後、条件を満たしていた場合にリセットした効果を復帰させる仕組が無い（もしくはシステムの都合上作るのが困難）
・Arthさんのおっしゃった利便上の理由で、把握していてあえてシステムを入れていない

もし対応しない/出来ない理由があるとしたら、こんな所じゃないかと推測します。

個人的にはこれらの永続スキルは、外出時に家の鍵を掛ける感覚と同じようなもので
システム改変に頼らずプレイヤーが気を付ければ良い程度のレベルの認識ですが、
もし実害を被っているようならば、その具体例を挙げれれば
開発側の対応優先度を判断する材料になるかと思います。