一応ありますよ、ノクチルカのfateが出現する前には天候が「雷波」に変化し、赤紫色な雲に覆われるので一目でわかります。

それがいつ来るのかわかるのは流石にレアじゃなくなるので不要だと思います。
レアfateはそもそも遭遇出来たらラッキーくらいなものですし、長くプレイしていればいつかは遭遇できますし、気長に待ちましょう。