そもそもはその「DPS計測はプレイヤーの楽しみでもあるから」とツールをグレーゾーンとしたことが全ての始まりだと思いますけどね。
始めはツールでできることがDPS計測やUIに関する変更だけだったとしても、どんどん便利な機能が増えて、または知られていって、どんどんできることが増えていったのでしょう。
公式ではないので個々の機能について運営はツール制作者やプレイヤーに対して効果的な歯止めもかけられません。
使わないでと言っても、使って有利、便利になるものは使うというのが海外の文化のようですし、ツールが外部で動いているかどうかを感知する術がないからもう仕方ないですよね。それがグレーゾーンって事ですし。
PvEに限らず、さまざまなコンテンツでプレイヤーにツールを使用されるのは「プレイヤーの楽しみ」を外部に投げた報いでしょうね。
開発のメンバーにも使ってる人がいるみたいな話もあったようですけど、DPS計測がないとつまらないみたいに言われている現状を開発の皆さんはどう思ってらっしゃるんでしょうね。