あくまでも憶測なのですが、エウレカウェポンは今回のアネモス編で完結ではなくて、今後も○○アネモスをベースに強化されていく為に、装備に対して保護がかけられているのではないでしょうか。
確かに現状最高ILに比べてみれば劣りますが、そこまでにかかった手間を考えると、幻影化するのはまだ時期尚早かなと思います。