レガシー時代にマイチョコボを取得済みでも、
新生後は遺失物管理人からチョコボホイッスルを受け取って使用しないと乗れるようになりません。
(レガシーでも最初はマイチョコボ未解放状態で始まります)

確かレガシーチョコボなら最初からでも乗れたかな？