最初から読み直してみました。
まず 他の方が仰ってるようにモグステーションでのワンタイムパス入力の前にいけますか?
モグステーションへのログイン方法は
最初にスクエニIDとパスワードを入力、それが正しければ次にワンタイムパスを入力の画面になります。
で、そこのところはどうなのでしょうか?
またPS3またはPS4版ならば PSNID?とかも本人確認の情報になりますよね?

スレ主さんが実際どのような問い合わせ方をしたのかわかりませんが
・トークンが壊れたこと 
・登録解除フォームでの申請ができないこと 
・本人確認をしてもらうには何を郵送したらいいのか など
を伝えて
スクエニIDとパスワード、自キャラの情報(鯖名、キャラ名など)
レジストレーションコード(新生版及びあれば蒼天版のも)
登録しているクレジットカードの情報
登録しているメールアドレスなどの情報を用意して もう一度電話で問い合わせしてみたらどうでしょうか?

最近スクエニからの紅蓮の予約開始のメールとか来ましたが
スレ主さんには来てますか?

何度かスクエニには問い合わせした経験がありますが
そんな塩対応ではなかったと思います。

失礼ですが、
このスレでも皆さんが聞いてることにも ちょっと的外れな返答しているように思えます。

モグステーションでのIDとパスワード入力後 ワンタイムパスの入力画面になる = IDとパスワードは合ってる
スクエニからのお知らせメール等が届いている =メアドは合ってる
ソフトがDL版でなければレジストレーションコードは手に取って見れる。

こういう事が実際はどうなのかが返答がないですね。