たぶんこの問題も「フルスクリーンモードでデバイス＞DISPLAY2の設定を使うとFF14が落ちます。」と同じ原因だと思いますよ。
『別のデバイスへのアクセスを行った場合、フルスクリーンの制御が失われてしまいます。』とあるので。
FF11の場合は単純にDirectX8だったからなのかと。
ただ、Hetare_Pさんがいうようにできるゲームもありますし、FF14同様に出来ないゲームもあるのでどこまでが仕様なのか疑問ではありますね。

とりあえずFF14クライアント側では設定できませんが、フリーソフトで無効化する事は出来るので誤打する場合は回避できるかと。
http://sound.jp/lr44/csl/winkey.xhtm