私はUSBが嫌いです。理由は相性問題が発生しやすいからです。
パソコン本体とUSB機器の相性だったり、USB機器同士の相性だったり。差すUSBポートによっても不具合発生したりしますよね。
ゲームパッドの動作不良（入力内容がおかしかったり反応しなくなったり）から、接続したままWindowsをシャットダウンするとなぜか電源切断されずにフリーズしたり。
更には、定期的に来るWindowsの修正パッチで、USBの仕組み？認識？が変わって？誤動作もするみたいです。
（某エレ○ムのQ&Aに「自己責任でWindows修正パッチを削除してください」みたいなことが書いてありました）

というわけで、USB接続のワイヤレスヘッドセットなどと一緒に使ってらっしゃる方は、そちらを取り外した上で動作確認した方がいいと思います。無線の混信なんてのもあるかもですし。
（無線マウスと無線LANが同じ周波数使ってて、混信してネットに繋がらなくなったりしました）
そういったUSB機器間の相性問題などがない状態でも発生しているのでしたら、FFXIV側の問題でしょう。Windows側の仕様がこっそり変更されていてそれに対応できてないとか。

あまり実の無い長文、失礼しました。
新品のゲームパッドをつないでみたら初期不良だった時のことを思い出して、つい熱くなってしまいました。