現在スクウェア・エニックスの OTP は独自仕様？ ですが、TOTP 標準 (RFC 6238, Google Authenticator 互換) にも対応してほしいです。
サービスごとに OTP アプリを使い分けるのは面倒ですし、Android のクライアントが動作が不安定で設定が頻繁に吹っ飛んでイライラします。また、Windows 10 Mobile 用の公式 OTP アプリはリリースされていません。
既存のハードウェアトークンとの兼ね合いもあるため完全移行は難しいでしょうが、追加の選択肢の一つとして検討していただけないでしょうか。