以前、1、2層はハードモード(真成くらい?)、3、4層は零式といった難易度(侵攻零式相当)とした、
というお話があったと思いますが、そこからすると、難易度調整はうまくできていると思います。
元々の目標設定とした難易度が高すぎた、という話で、個人的には、設定された目標に対しては
うまく調整できている、という認識です。

難易度設定に関しては、PLLにて、律動編は真成と侵攻の間くらいにする、
という話が合ったと思いますので、その辺りに関しても議論、フィードバックを
行うのが良いのではないでしょうか。

零式起動編に対して不満を持っている層は、
1.高難易度レイドはやりたく無い、興味が無い層
2.真成まで遊んでいたが、起動編で難易度が上がったことによってターゲット外になった層
概ね上記二種に分かれると思っていますが、2の層は難易度設定を改めることで、
ある程度不満が解消されると思います。
ただ、1の層に関しては、
・零式以外で強くなる要素が無く(ほぼ横並びの週制限トークンのみ)やりがいが無い
→時間であったり、運であったり、クラフターであったりで強くなれるようにして欲しい
というところが大きなところだと思っていますので、諸々報酬系含めてを見直さないと
不満を解消するのは難しいと思います。

個人的には、零式装備をもっと上のILにしてしまい、トークン装備との差を広げたうえで、
奇数パッチにて、空島やクラフター、AW等で、零式装備未満、
トークン装備以上の装備を取得できるようにし、
1.零式等最高難易度のバトルコンテンツだけやってる層
2.空島、AW、クラフター等に時間をかけることでトークン以上の装備を集める層
  (奇数パッチ後の緩和込みで零式に挑戦する層含む)
3.最低限のプレイ時間でコツコツトークンを集めて好きに遊ぶ層
みたいな感じで住み分けするような感じが良いと思っています。