PVP実装当初はPVPスキルは未収得からはじまってPVPランクをあげてポイント2消費してスキルを習得してからポイントを消費してスキルを強化する仕様でしたが
初心者の参入が難しくなるとのことからスキル自体は全ジョブ分習得済みで、そこからポイントで強化する仕様にかわったため、いまの強化に4ポイント消費する
ようにかわりました（パッチ2.28かな？）

なので当初の想定と変わっているので端数がでるようになったんですよね。

まぁ今後もレベル上限が上がらなくても（4.0まで）PVPランクは上がっていくと思いますし気にしない方が精神衛生上よいかと思います。