各IDはCFでいくことが多いので、その場所にあるという感覚がうすいと思います。
また、よく作り込まれたマップをゆっくり歩きたい、釣りをしたいなどの要望もあります。
そこで、IDをはじめてクリアした後、フィールドにある各IDの入口の奥が開放され、
その先にパブリックフィールドとしてIDと同じエリアが用意されて、自由に出入りできるようになるというのはどうでしょうか？
またストーリー上何らかの理由でIDを攻略するものの、その後CFでいくとなんのフォローもなく
同じIDストーリーが繰り返されるので、後日談的なものが感じられるとよいと思います。

例えばサスタシャなら、カニなどの動植物はいるけど、海賊はもういない。
捕まっていた女性たちは開放されていて、イエロージャケットとかが調査にきている。
釣りをすることもできるし、たまにボス部屋で倒されたサハギンの敵討ちみたいなFATEが発生するなど。