En compagnie de sa sœur Tiamat, Bahamut a voyagé vers le sud, jusqu'à Meracydia. Ensemble ils ont engendré un grand nombre d'enfants.
Mais il y a 5000 ans, durant la 3ème Ere Astrale, les hommes d'Allag firent leur apparition, sous les ordres de l'Empereur Xande qui avait pactisé avec le Nuage des ténèbres. Ils envahirent Meracydia, massacrèrent la progéniture des deux dragons mais ceux-ci se défendaient vaillamment. Les Allagans mirent à profit leur technologie pour développer des armes bactériologiques (pourriture allagoise), créer des espèces hybrides (Chimères, Mélusine, etc.). Un véritable carnage eut lieu, et Bahamut lui-même périt.
Manipulée par les Asciens, Tiamat accepta de laisser ses enfants survivants invoquer un primordial, à l'image de Bahamut, dans l'intention de le ressusciter. Cependant ce primordial n'était qu'un simulacre de Bahamut, qui n'avait rien à voir avec l'original.
Mais malgré les efforts de ce "nouveau" Bahamut pour défaire les Allagans, les Asciens enseignèrent à Xande comment soumettre le Dragon-Dieu. A l'aide de la machine allagoise Omega, ils emprisonnèrent Bahamut II dans un satellite artificiel, Dalamud. Ce satellite était capable de collecter de l'énergie au profit de l'Empire Allagois.
Pour s'assurer que le primordial ne bougerait pas, d'immenses colliers maintenaient Bahamut II en place, tandis que d'autres dragons étaient gardés en captivité, mais en état de stase, près du satellite afin qu'il reste perpétuellement invoqué.
Devant faire face à une rébellion parmi les Allagans, Xande essaya d'invoquer le Nuage des Ténèbres sur Hydaelyn. Pour cela il tenta d'emmagasiner l'énergie produite par Bahamut II vers la Tour de Syrcus. Mais ce flot d'énergie dépassait la capacité de la Tour de Syrcus, et le surplus d'énergie causa un tremblement de terre dévastateur qui mit fin à la civilisation allagoise et plongea le monde dans la 4ème Ere Ombrale.
Une Ere est passée et les origines de Dalamud ont été oubliées, les Allagans ont disparu.
A la fin de la 6ème Ere Astrale, l'empire de Garlemald s'étend alors à son tour et après sa victoire fulgurante sur la cité D'Ala Migho, découvre des ruines un peu au nord de ce territoire. Ces ruines contiennent la plateforme de contrôle terrestre de la station orbitale Dalamud , le fleuron de l'ingéniosité allagoise. L'empire décide de nommer le père de Cid a la tête du projet Météore, qui a pour but de transformer cette lune en arme de destruction massive (ils ne savent pas que c'est la prison de Bahamut II et le centre de recherche principal Allagan à ce moment).
Le commandement des opérations est confié alors a deux Généraux, Gaius Van Baelsar et Nael Van Darnus, Gaius se chargeant de préparer les troupes en tant que gouverneur d'Ala Migho et Nael lui de développer le projet Météore en Eorzea.
Mais plus le temps passe et plus Nael, aux manettes de la plateforme de commande de Dalamud, perd la tête, il devient peu à peu un subjugué de Bahamut II et programme donc la lune rouge pour qu'elle s'écrase sur Eorzea, sur ordre de Bahamut II son prisonnier.
Malgré les tentatives des héros, dirigés par Louisoix qui a réunifié les cités Etats et aidé à recréer les grandes compagnies, Nael parvient à activer Dalamud. Il mourra des mains des héros avant de disparaitre, rappelé par Bahamut.
Dalamud s’effondre alors relâchant Bahamut II.
Tandis que les Grandes Compagnies engageaient le combat sur la plaine de Carteneau contre la VIIème Légion de Nael, Dalamud se fissura de l'intérieur, laissant sortir un Bahamut II furieux. Pour contrer la menace, Louisoix Leveilleur tenta d'invoquer les Douze en une ultime tentative pour arrêter la calamité, utilisant l'énergie des prières.
Le rituel de Louisoix pour emprisonner Bahamut II échoua, laissant le Primordial déchainer sa fureur à travers Eorzea, brûlant et détruisant sur son passage.
Et soudain la menace du Primordial disparut, tout comme Louisoix… et personne ne se posa plus de questions.