3Dで表現された世界ですし、立体的な構造、多層構造とかもありだと思うんですけどね。

まあ、十中八九なんらかの地形を利用したギミックが搭載される事にはなるでしょうが。
あまり複雑なものにしなくても、単純に超巨大な敵の上部を狙ったり下部を狙ったりする為に、
上行ったり下行ったりとかでもそれはそれで新鮮さとか珍しさとか3Dらしさとかが出るのではないかと……

なんにせよ、円形にしろ、四角形にしろ、上下がない平面だと、2Dで表現できる世界と何も変わらないですし。