私は「激マブランプ部材」モードゥナのタングルヒルギ原木で似たような現象が発生しました。
別に「シャード9999個」持っていたワケではないのです。

「不具合報告」「再現せず」に分類されてしまった
「イクサル族デイリークエスト『激マブランプ部材』においてタングルヒルギ原木を４つしか集めていないのにＮＰＣに報告に行くフェーズへ進んでしまう」
とまったく同じ状況でした。

それ以来クエストで気をつけているコトは
伐採＆採掘ポイントでHidden扱いのアイテムが無い場合はそのポイントでは絶対に何一つ伐採＆採掘をせずに
他のポイントをまわる。
他のポイントを回っているウチにHiddenアイテムが出現？するのでそれでクリアをしています。

確証のないちょっと個人的なおまじない行為なのですが
確実な不具合修正？がくるまでポイントにHiddenアイテムが無かった時、ちょっとだまされたと思ってやってみてください。
（だましたらごめんなさい）