もういっそ、フェーズ移行ごとにHPバーを分離してほしいです。
上の例で挙げるなら、現在のツインタニアの100％～85％でHPバー一本、それをクリアすればまたHPバーが新しくなって55％までで一本使う、といった感じです。
似たようなUIは他ゲームでもたびたびみられますね。残りのHPバーの本数が横に数字でついてたり、HPバーの色が変わって行ったり。
全体的にNPCの耐久が高く、冗長気味の戦闘にもメリハリが付いてよいのではないでしょうか？（これは気持ちの問題ですが...）

現在実装されているエンドコンテンツではフェーズ以降のタイミングを間違うと全滅してしまうケースが多々あり、それを把握することが重要な攻略の鍵だったりもします。
しかしボスの残りHPが何％であるかどうかは、プレイヤー（クライアント）に正当に与えられている情報であり、だからこそUIにHPバーが表示されています。
つまり、UIまわりでの一つの不便さ、情報取得のしづらさがコンテンツ難易度と直結してしまっているのです。
皆さんが不自然に感じているのは、その点ではないでしょうか？

ちなみに自分はディスプレイにセロハンテープ張ったり（べとべとになりますので注意）、FTの「メリュジューヌ」の「ヌ」の右端くらいでだいたいフェーズ以降かなーだなんて形で対応しています。