そちらのリンクはまだ見てませんでした.ありがとうございます.

リンク先の説明によると
「スクウェア・エニックス アカウントに紐付けられている、現在利用中のサービスアカウントを選択」
とのことなので

スクエニアカウント
 ┗FF14サービスアカウント1(windows)
 ┗FF14サービスアカウント2(PS3)→(PS3/PS4β)→4/11以降PS4へ乗り換え可能(既存PS3キャラ)

という感じで
一時的にFF14サービスアカウント2はマルチプラットフォーム的なアカウントになるのかしら?

mnkrさんは既存のPS3アカウントを使ってPS4からDL,ログインなどできているんですよね?
ならば,特に問題は無いんじゃないかと思うのですが.

フェーズ1は隔離サーバかつワイプありの新規キャラでのテストのようですので,
ベテランリワードとか製品特典とかまで反映されてないんじゃないかな?
この辺は公式回答いただけそうな内容なのでちょっと待ってみるといいかもしれません.

もし,フェーズ2になったときに既存データが引き継げていないということであれば問題と思います.