単一の標準コントローラーを使用している状態で他のゲームでも同様の現象が発生するかは確認しましたか？
データ削除＆再インストールを行って、且つ発生しているのでしたらPS3本体の問題のような気がするのですが・・・
その場合はSONYのカスタマーへの連絡となりますね。