やっぱり一番は反応速度ですよね、何かコマンドを選んでも数秒たってから画面が開くとか。
急いでいる時とか間違った操作をしてやり直す時は凄くストレスに感じます。

あとはコントローラーを捨てる事が出来ない以上難しいでしょうけど。
マルチウィンドウという言い方が正しいのかわかりませんが、複数の窓を同時に開くことが出来るように出来たら嬉しいです。
生産中にアイテムウィンドウを表示出来たり、パーティ募集を確認出来たり。
戦闘中もメニューを開いていたら攻撃などの動作が出来ないですし。
常にアイテムウィンドウを開いておけるような自由があったらいいですね。

戦闘ＵＩに関しては、アクションパレットは誰かをタゲらないと開かないというのはもうバグレベルの失敗ですよね。
後衛の場合の話。
敵を倒す→そのタイミングで回復などしようとしていたのにパレットがギリギリで閉じて使えず
その場合
1.急いで次の敵をタゲって回復しようとするも、もたつく→サークルを間違えて切り替えちゃったりして更にもたつく。
2.急いで次の敵をタゲって回復しようとして、なぜか関係ないＰＣをタゲっちゃってあらぬ方向へ回復魔法を飛ばす。
3.急いで次の敵をタゲって回復しようとしたら、パレットが閉じて魔法が使えなかったと思ってたのに、実はラグでモーションが表示されてないだけで、内部的には詠唱が始まっており、もう一度入力することにより呪文キャンセル。

もうなれましたけど、稀によくあります。