サーバー時間で０：００きっかりに、90000エラー。
3/3のインフラ増強とは一体なんだったのだろう・・・。
インフラ増強前後で全く同じ現象が発生していることを考えると、リセットタイミングでサーバーが落ちるのって、ハード的な要因ではなく、ソフト的な要因なのではないでしょうか？
パッチ2.15で発生していなかったことを考えると、どうしても、パッチ2.16に、リセット時にサーバーを落としてしまうようなバグが潜んでいるように思えてなりません。
パッチ2.16の中に、リセットを行うタイミングで予期せず、サーバーに高負荷を与えてしまう動作をするプログラムが入っていませんか？
リセット処理回りを、今一度、しっかりチェックしてください。
緊急メンテナンス直後でこれは、同業でも、さすがに擁護のしようがありません。