いまいち理解が出来ないんですが、
剣が出た時に
ナイトにNEED　GREED　PASS
他がGREED　PASS
全員にGREED件がある為にGREEDのみPTが発生＝トラブル※を招くかもしれない。
※全員がGREEDの中、NEEDを押す人など
ナがNEED PASSなら上記PTは成立しない。
って認識であってますか？

合っていれば、私は現状の仕様で構わないと思います。
GREEDPTの利点（私は海外鯖なので見たことないというか、外人さんと武器周回やったことは無いので判りませんが）
・縛りがない（人を集めやすい）
・各自最も強い装備のジョブを出せる（周回速度が早い）
・欲しい武器のジョブが育ってなくても入手が出来る
難点
・上記のようなトラブル


対策としては、
・PTのロットルールをNomal（現状のまま）/GREED（全員GREED PASSの二択）にスイッチが可能にする
・各人のロット状況を判りやすく表示する(N/G/P/--等)事で注意を促す
今後旬を過ぎたコンテンツでも人を集めやすいようにこういった方向にして欲しいかなと思います。

番外編
・いっそ全ID全箱を個別報酬にする。
私はこれでもいいかなと思います。人と揉めるくらいなら。。。
この場合は確定で1つ武器が出ると1戦で8個出る事になるので、そこは確率を下げる。
また、武器被りとかもあるので断片化（？）というか交換品（5個貯めれば対応する任意の武器と交換可能みたいな）として入手出来るとか
その他の対応が必要になりますが。