所謂、マラソンプレイを良しとしない意向であるならば、道中の敵に倒す意味を与えるのがいいのではないかと思います。
そもそもマラソンする最もな理由が哲学、神話を集めるためなので、ならば道中の敵を倒せば僅かながらの哲学や神話が手に入るような仕様にしてみては？

簡単に手に入るのが癪な様でしたら例えば「哲学の断片」「神話の欠片」といった新アイテムを倒すことで入手でき、それらが一定数以上集まれば１哲学、１神話となる。など

いかがでしょうか？ご一考の程、よろしくお願いいたします。