性能的には
該当Lvのダンジョン装備（エーテリアル含む）≧該当Lvのクラフター製作HQ（≧軍票装備）＞１ランク下のダンジョン装備＞クラフター製作NQ
と言った感じでしょうか。
HQにマテリア入れて、ようやく緑・ピンク枠のダンジョン産EX装備に並ぶかな？と。
※エーテリアル装備は該当装備のHQ性能＋αらしいです

じゃあ高い金出してHQ買ってマテリア詰め込むか、というと、そこまでしなくても、Lv50までは進めるのですよね。
各種クエストでNQ品がばらまかれてるのは御存知の通り。
それらの該当LvのNQ装備でクリア出来ないバランスとなると、それはそれでちょっと難易度に問題がありそうですし。
50（45）以降は、防具はアーティファクト装備＞（ワンダラー・アムダプールの55・60装備）＞皆さん大好き哲学集めてDL装備。
武器も軍票か蛮神、あとはワンダラーのIL55装備でクラフターの入る隙間がない。
正確には現状クラフター用エンドコンテンツ相当のIL70作成装備群が有りますが、こちらの問題点に関しては省きます。

ID通いのモチベーションの一つの、良性能の固有グラフィック装備と、
クラフター産のHQ装備との住み分けが出来れば、とは思いますが・・・・・・。
現状から、マテリアでの強化上限を上げると、アイテムLvやコンテンツ間のバランスを飛び越えるので難しいのですかね。