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スレッド名：
キャラクターのレベルが低くなっている。（戻っている）
ストーリー進行状況は問題なし。
発生日時：
2019/03/13
発生頻度：
常時
ワールド名：
Hades
キャラクター名：
Colt Oblige
NPC名：
なし
モンスター名：
なし
クラス／レベル：
幻術士 / Lv.23
パーティメンバーの有無：
ソロ
種族：
ララフェル
ゲーム内時間：
夜
手順：
FF14を起動しようとしたところ長い間、真っ暗な画面でフリーズしたので一度アプリケーション（FF14）を終了。
それからもう一度、アプリケーションを立ち上げようとしたところ「システムデータが破損しています。」
というエラーメッセージが出て、強制的に初期化処理が行われた。
その後はログインすることはできたがキャラクターのLv.が20に下がっており、ホットバーにセットしていたスキルの位置が古い状態になっていた
データセンター・サーバーは正しく選択されてますか？
(1)どこかのサーバー★にキャラ作成→ (2)Lv20まで育成→
(3)別のサーバーにもキャラ作成→ (4)Lv23まで育成→
(5)トラブル→ (6)間違えて古い★のサーバーを選択→ (7)レベル20じゃん！
という状況ではないかと想像します。
ブラウザで公式サイトにログインすると、キャラクター選択画面が出て育成済みキャラが一覧されると思うので、どのサーバーにどんなキャラがいるか確認してみるといいと思います。
また、レベルが20や23という確認はどこでされましたか？
キャラクターのレベルのほかにも装備品のレベルなども画面に表示されるので、そのあたり画面の読み方を間違えてないか確認してみてください。
なお本当に壊れてたら不具合ではなくて個別サポートで復旧申請を出せば
ログを追って調査・復旧してくれると思います。