戦闘中に攻撃を受けたモンスターをターゲット出来ない。

PTプレイで戦闘中にネームが赤い状態ではないモンスターから
攻撃を受けるとそのモンスターに対してターゲットできない状態になる。

一度武器をしまえばターゲット出来るが面倒です。

また、関連してるのかは分かりませんがイフリートの戦闘中に出てくる
柱も一度武器をしまわないとターゲット出来ない状態になることがあります。

恐らく、たぶん、予想ですがコンフィグで戦闘状態の敵のみターゲットを設定していませんか？
この設定はどこかに敵視が残っている状態ですと、ヘイト0の状態の敵を手動でターゲットする事が出来なくなりますから、それが原因だと思います。

イフリート戦はまさにこれが原因ですね。
イフリートから敵視を貰っている状態ですので、あとからひょっこり現れる敵視0の柱はターゲットできなくなってしまいます。

解決方法はマクロでターゲットを取るか、サブターゲットが出るタイプのアクションを敵視0の対象に使うか、
もしくはターゲット指定無しの範囲技（サークルスラッシュなど）を直接当てて敵視を貰ってターゲットを取るか、これくらいですかね。

ただ光の柱だけに関して言えば、これらの行為が意味あるのかは分かりません。
あのイフ戦は一度しかやっていませんから、そもそも光の柱に敵視が設定されているのかを憶えていない為です。
（ただしターゲット指定無し技の範囲攻撃を当ててからのターゲットが可能だったのは確かです）