PC版での仕様なのか分かりませんが。
一つのウインドウでGeneralやBattle等切り替えして使用しておりますが、 それぞれサイズを指定しても、全てGeneralのフォントサイズになってしまいます。
ウインドウをそれぞれ分離させた場合は問題ありません。
個人的に「FreeCompany」という名前でチャットウインドウを作りそれを１６、他を１２にし、切り替えで使用することは現在の仕様では出来ないようです。
最初のウインドウが「General」と決まっており、機能がそこに反映されるのであれば、別途このウインドウは「Generalウインドウです」といったような表示がほしいですね。現在はウインドウの定義と機能がマッチしていないようです。
ちょっと分かりづらい説明で申し訳ないです。