魔導アーマーが突然飛んで少し残念。

まあぶっちゃけて言ってしまうと、「元から飛べたけど仕様として存在していなかった」だけなんだと思います。
黒チョコボだってイシュガルド実装から初めてお披露目されましたが、それ以前にも存在していたでしょうし、そもそも登場したとしてもイシュガルド地域以外では飛べない設定がありますしね。

まあ「魔導アーマーが飛べる」なんて話は無かったので、どうせならクエストでシドさんが改造したぜー！ってしてくれたほうが自然だし嬉しいですけど。